Az élelmiszerek tartalmazhatnak hasznos és káros, valamint az élelmiszerromlással összefüggésbe hozható mikrobákat is. A káros mikrobák azok, amelyek az élelmiszer eredetű megbetegedésekkel vagy „ételmérgezéssel” hozhatóak összefüggésbe. Európában az öt legfontosabb élelmiszer eredetű mikroba, amely az élelmiszer eredető betegségterhek mintegy 70%-áért felelős, a következő: Norovírus, Toxoplasma gondii, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Salmonella enteritidis és Listeria monocytogenes. Más mikrobák, mint például a Bacillus cereus és az Escherichia coli szintén kapcsolatba hozhatók élelmiszer eredetű megbetegedések súlyos eseteivel.

Ezek a mikrobák megtalálhatóak nyers húsokban, megfelelő minőség jelöléssel nem rendelkező tojásokban, egyes tejtermékekben, a gyümölcsök és zöldségek felületén, szárított élelmiszerekben, például tésztákban és rizsben, vagy fogyasztásra kész élelmiszerekben, például szendvicsekben és desszertekben.

A tünetek között szerepelhet a hasmenés, gyomorgörcsök, láz és hányás, de egyes élelmiszer eredetű megbetegedések akár halálhoz is vezethetnek - bár ez ritkán fordul elő. Az élelmiszer eredetű megbetegedés tünetei leggyakrabban a fertőzést okozó élelmiszer elfogyasztását követő néhány napon belül kezdődnek, és általában otthon, pihenéssel és folyadékkal kezelhetőek.

Nem minden élelmiszerrel kapcsolatos mikroba káros. Hasznos mikrobák használhatunk élelmiszerek és italok előállítására, például a Saccharomyces cerevisae élesztőt a kenyér és sör készítésére használják. A lactobacilli baktériumokat pedig joghurt- és sajtkészítésben nélkülözhetetlenek.

Fontos lépéseket tehetünk az élelmiszerekkel kapcsolatos megbetegségek és az élelmiszerromlás megelőzése érdekében. Ezek az élelmiszer útjának minden szakaszára vonatkoznak, a bolttól a tányérunkig:

1. Legyen tisztaság körülöttünk! A kéz- és a tárgyak felületeinek tisztán tartása a legjobb módja annak, hogy elkerüljük az élelmiszerrel terjedő mikrobák bejutását az ételeinkbe.
2. Tartsuk fenn a hűtési láncot! Az élelmiszerek hűtőben vagy fagyasztóban tartása lassítja a baktériumok szaporodását, de nem állítja meg azt. Minimalizáljuk az élelmiszerek hűtőszekrényen vagy fagyasztón kívül töltött idejét!
3. Előzzük meg a keresztszennyeződéseket! Az élelmiszerekben található káros mikrobák más élelmiszerekre való átterjedésének megakadályozásával (például a kezünkön vagy a konyhai eszközökön keresztül) elkerülhetjük azt, hogy az említett élelmiszerek elfogyasztása betegséget okozzon.
4. Alaposan főzzük meg az olyan élelmiszereket, mint amilyen például a hús.
5. Kövessük a címkéken szereplő tanácsokat! Az élelmiszereken elhelyezett címkék alapján határozzuk meg, hogy mikor biztonságos az élelmiszer fogyasztása, illetve mikor a legjobb az élelmiszer minősége.